А как Вам вариант в случае использования энкодеров в ОС - вместо 2-ух концевиков использовать один по центру - например геркон и магнит? А уже относительно этого центра каждый сможет внести в прошивку необходимое кол-во импульсов в обе стороны, с учетом "мертвых" зон? При условии конечно, что конструкции без разницы с какой стороны приедет "центр", т.е. проворачивание не страшно.
Если энкодер многооборотный - то на нем без-толку устраивать концевик по центру, поскольку этих центров - один на оборот. И на каком обороте мы окажемся после включения - не понятно. Поедем искать центр, не угадаем с направлением и упремся в железо.