Wipe Dalvik Cache: кэш включения приложений. В этом отделе кэш хранятся данные все данные о приложениях(dex файлы- правила запуска и настройки выполнения приложений). В случае очистки, личные данные останутся не тронутыми. ВАЖНО! - этот вайп делать и до прошивки, и после, и периодически (когда вы удаляете приложения его файлы остаются в далвик).
После вайпа, при запуске, система оптимизируется, и сама создаст все нужные файлы.

Wipe Cache Partition: очистка кэша использования приложений. При этом все личные данные останутся нетронутыми.
ВАЖНО! - этот вайп делать и до прошивки, и после, и периодически.

Wipe Data/Factory Reset: удаление данных, настроек и сохранений, сторонних приложений; система вернется полностью к заводскому состоянию. Специально не разделяю эти вайпы, потому как отдельно data чистить не имеет смысла, лучше сразу factory reset - он и кеш и далвик почистит (абсолютно голая система потом запустится).
ВАЖНО! - этот вайп делать, только до прошивки, другого типа прошивок (например при переходе с MIUI на AOSP. При обновлении версии прошивки, даже от разных команд Pro или multirom, достаточно будет только вайпа кеша и далвика.)
Если поменяемся версия андроид (5.1 или 6)- обязательно выполнить factory reset перед прошивкой. Если вы что-то заморозили ненужное (например часто браузер морозят и система висит, или выскакивают различные ошибки - тоже делаем вайп.

Wipe System: ВАЖНО! - этот вайп не для вас, его делать не надо никогда! Система сама его автоматически затирает, при новой прошивке! ЭТО СТИРАЕТ ВСЮ СИСТЕМУ, получите вечную загрузку или кирпич...